但是，有些有机肥生产厂家有意模糊生物有机肥和有机肥的区别，把经过有机物料腐熟菌高温发酵的有机肥称作物有机肥，把经过有益微生物常温发酵，有益微生物和有害微生物、病虫害、草种可能共生的有机粪肥称作有机肥，向广大有机肥厂家或养殖场作误导性宣传，这是有悖科学的。凡是以有机物质(含有碳元素的化合物) 作为肥料的均称为有机肥料。通常来说，有机肥就是动植物的残体和动物排泄的粪便。有机肥分为商品有机肥和农家肥。农家肥包括土肥、厩肥、圈肥、沤肥、堆肥、绿肥、人尿粪等。那么有机肥有什么作用？
果树叶片吸进去二氧化碳，呼出氧气；根系吸进去氧气，呼出二氧化碳。果树要想进行正常的营养循环，地表浅层的呼吸根必须具有充足的氧气供应，这就要求土壤具备疏松度和透气性。土壤透气性与土壤颗粒的大小成正比，并受土壤的含水量、温度、大气压力和气温等条件的影响。土壤透气性又叫土壤通气性，也就是土壤空气与大气相互交换的性能，或大气进入土壤的速率。它与土壤结构，特别是与孔隙特性密切相关，总孔隙度或大孔隙比例较高的土壤，具有良好的透气性。如结构良好的土壤透气性比结构不良的土壤好；砂质土比粘质土好；水分含量适中的土壤比过度潮湿的好；表层土壤比下层土壤好等。
土壤酸碱性的强弱，常以酸碱度来衡量。土壤之所以有酸碱性，是因为在土壤中存在少量的氢离子和氢氧离子。当氢离子的浓度大于氢氧离子的浓度时，土壤呈酸性；反之呈碱性；两者相等时则为中性。我国土壤pH大多在4.5～8.5范围内，由南向北pH值递增，形成“南酸北碱”的态势。由于我国南北方气候的差异，南方湿润多雨，土壤多呈酸性，北方干旱少雨，土壤多呈碱性。土壤偏(过)酸性或偏(过)碱性，都会不同程度地降低土壤养分的有效性，难以形成良好的土壤结构，严重抑制土壤微生物的活动，影响各种作物生长发育。
